Como configuro el permissions?

Buenas a todos tengo 2 dudas y espero que podais solucionarmelas:

1-He creado un server de minecraft (con bukkit)(el minecraft no lo tengo oficial) pero me dio por cambiarlo y hacerlo sin hamachi para que se pueda entrar poniendo una ip dyndns o algo asi pero ahora no me deja abrir el server, ya configure el properties y le puse una ip dyndns que cree, tengo que abrir algun puerto en el router o algo?

2-Otro problema:
tengo instalados varios plugins en el server:
El AntiGrief que no me funciona
El xAuth
El iConomy que me funciona la parte del dinero no me deja montar tiendas con lo de los cofres y carteles
El AutoSave
El TiredMan que al principio me funcionaba pero ahora no me funcionan ni los comandos para ver la energia
El Permissions
El iWatch que como hace 1 semana que lo instale no me acuerdo ni de para que sirve xD
El Petition Plugin que no me funciona bien
El AdminCMD que no me funciona

Principalmente los problemas estan con los comandos, que me dice que ninguno es valido, y eso que me hago op antes de eso por si acaso…

Espero que podais ayudarme con todo esto, ya estoy desesperado y tengo muchas ganas de acabar el server y espero poder solucionar estos problemas, tanto lo de el server como lo de los plugins aunque le doy prioridad a que me funcionen los plugins

Gracias de antemano ;D