Instalar Mod en Servidor Dedicado

Hola gente!, me he propuesto a aprender muchas cosas del mundo de Minecraft, pero hay momentos que uno se estanca y…U_U

Vereis, acabo de ver un mod muy chulo (http://www.minecraftforum.net/viewtopic.php?f=25&t=98383) que he intentado instalar en el servidor virtual que tengo. El problema es que primeramente me pide instalar el ModLoader (http://ns1.aokhost.com/viewtopic.php?f=25&t=80246) y claro en Windows es sencillo abrir el archivo “minecraft.jar” de la carpeta “.minecraft/bin” y pegar dentro los archivos .class que viene, luego borrar la carpeta meta-inf y listo , pero en un servidor virtual (con SO Ubuntu) como se accede a ese archivo?

De todas formas ayer intente instalar en el servidor que tengo en mi ordenador, que va por Windows, hice todos los pasos, pero al meterme en el juego no veia las torres del Mod ni nada :S

Saludos!

Yo creo que los mods no se pueden instalar en un server o si??

He editado mi mensaje para explicarlo mejor ^^, yo es que he visto algunas web de server de minecraft y si tienen algunos mods, como por ejemplo:

“Mods instalados y testeando: Hey0, SafeSafe (aunque éste poco durará), MineCart Mania y npcs.”

No se si seran unos mods especiales que dejan para los servidores mmm ni idea. O lo mismo se pueden instalar mods que no hagan falta modificar el archivo minecraft.jar :S a saber…

Si es diferente, los mods son como servers ( lo que tengo entendido ) que si hey0, MC Admin y cosas asi, ya lo que si MinecartMania y Npcs son PLUGINS que puedes conseguirlos en los foros de estos mods