para que sirve el META-INF?

Bueno, se que si no borras el archivo META-INF no te funcionaran los mods, pero para que sirve este archivo realmente? o sea, dudo que los creadores digan “vamos a poner este archivo solo para que los jugadores no pongan mods” cierto?

Es una firma, contiene varios archivos con el código SHA-1 de todos los archivos .class que hay dentro del jar, y creo que es cosa de Java, no de Minecraft. Por eso, si añades un mod, debes borrar esa carpeta, ya que si no lo haces al comprobar Java los SHA-1 de todos los archivos jar, comprobará que hay archivos que tienen un SHA-1 no valido, lo que quiere decir que ha sido modificado y, por tanto, se cierra. Es más que nada por seguridad, y para asegurarse de que el programa se ha descargado correctamente y está integro.